Technika, kurią sukūrėme siekdami ištirti išsaugotus naviko mėginius, dabar atskleidžia anksčiau nepastebėtą vėžio agresyvumo mechanizmą
Stevenas Henikoffas
Naujoji technologija-skilimas po tiksliniu prieinamu chromatinu (CUPAC)-daugiausia dėmesio skiria mažoms, suskaidytoms DNR nekoduojančioms sekoms, kuriose RNAPII jungiasi toje pačioje chromosomoje kaip ir genas, leidžiantis mokslininkams tiesiogiai išmatuoti genų transkripcijos aktyvumą iš DNR.
Nagrinėdami klinikinius mėginius, naudojant CUTAC technologiją įvairiuose vėžio tipuose, tyrėjai nustatė, kad histonų genų ekspresija buvo nuolat didesnė naviko mėginiuose, palyginti su normaliais audinių mėginiuose. Histono baltymai suteikia esminę struktūrinę DNR palaikymą chromosomose, veikdami kaip ritės aplink DNR sruogos. Šie baltymai buvo gerai ištirti, tačiau dabartinės priemonės genų ekspresijai tirti priklauso nuo RNR sekos nustatymo. Histono RNR yra išskirtinė tuo, kad jos struktūra neleidžia jiems nustatyti dabartinių metodų. Taigi histono genų ekspresija gali būti žymiai nepakankamai įvertinta naviko mėginiuose. Tyrėjai iškėlė hipotezę, kad padidėjęs vėžio ląstelių dauginimasis sukelia hipertranskripciją arba labai padidėjusią histonų ekspresiją, kad patenkintų papildomus ląstelių replikacijos ir dalijimosi poreikius.
Norėdami patikrinti savo hipotezę, tyrėjai naudojo CUTAC profiliavimą, norėdami ištirti ir nubrėžti RNAPII, kuris perrašo DNR į „Messenger RNR“ pirmtakus. Jie ištyrė 36 pacientų, sergančių meningioma, FFPE mėginius – įprastą ir gerybinį smegenų auglį – ir panaudojo naują skaičiavimo metodą, kad integruotų šiuos duomenis su beveik 1300 viešai prieinamų klinikinių duomenų mėginių ir atitinkamų klinikinių rezultatų. Naviko mėginiuose RNAPII fermento signalai, rasti ant histono genų, patikimai galėjo atskirti vėžį ir normalius mėginius.
RNAPII signalai apie histono genus taip pat koreliavo su klinikinėmis meningiomomis, tiksliai numatant greitą pasikartojimą ir visos rankos chromosomų nuostolių tendenciją. Naudojant šią technologiją krūties naviko FFPE mėginiuose iš 13 pacientų, sergančių invaziniu krūties vėžiu, taip pat prognozavo vėžio agresyvumą. „Technika, kurią sukūrėme siekdami ištirti išsaugotus naviko mėginius, dabar atskleidžia anksčiau nepastebėtą vėžio agresyvumo mechanizmą“, – sakė Henikoffas, kuris taip pat yra Howardo Hugheso medicinos instituto tyrėjas. „Nustačius šį mechanizmą, tai rodo, kad tai gali būti naujas testas diagnozuoti vėžį ir galbūt juos gydyti“.
Zhengas ir kolegos planuoja naudoti šią technologiją FFPE mėginiuose iš kelių vėžio tipų, kad būtų galima tolesniam patvirtinimui.
Šį tyrimą rėmė Howardo Hugheso medicinos institutas, Nacionaliniai sveikatos institutai (HG012797) ir Nacionalinis vėžio institutas (T32CA009515).
Šaltinis: MD Andersono vėžio centras
