Šis meno kūrinys parodo, kaip RNR sekos (RNR-seq) duomenys, sukurti iš skirtingų navikų, perduoda informaciją apie imuninių ląstelių (raudonų taškų viršutinėje dalyje) gebėjimą įsiskverbti į navikus ir sustiprinti priešvėžinius imuninius atsakus. Naudodami multimodalinį metodą naviko RNR sekų duomenims analizuoti, Lapuente-Santana ir kt. gavo holistinį navikų ląstelių ir molekulinio heterogeniškumo vaizdą (apatinė dalis), kuris yra susijęs su imuninių ląstelių infiltracija ir aktyvumu, ir prognozuoja pacientų atsaką į vėžio imunoterapiją.
Vaizdo šaltinis: Insbruko universitetas; Iliustracija: Maddalena Scudellaro ir Francesca Finotello
Imunoterapija pastaraisiais metais tampa vis svarbesnė gydant vėžį: užuot tiesiogiai puolusi vėžines ląsteles, imunoterapija nukreipta į paties organizmo imuninę sistemą, palaikydama ją kovojant su vėžiu. „Deja, labai sunku numatyti, ar pacientas pasireikš imunoterapija, ar ne. Taip yra ir dėl naviko mikroaplinkos nevienalytiškumo, ir būtent čia mes ateiname“, – sako Finotello.
Dabartiniame tyrime Finotello vadovaujami mokslininkai naudojo sistemų biologijos metodą, kad analizuotų naviko mikroaplinkos nevienalytiškumą. Jie išanalizavo daugiau nei 1000 pacientų plaučių vėžio mėginių, ypač nesmulkialąstelinių plaučių karcinomų, transkriptominius duomenis. Naudodami specialų metodą, vadinamą Multi-Omics Factor Analysis (MOFA), jie sugebėjo nustatyti pagrindinius naviko mikroaplinkos heterogeniškumo šaltinius. „Pirmiausia iš šių mėginių gavome kai kurias interpretuojamas, aukšto lygio savybes, kurios informuoja mus apie tai, kokie ląstelių tipai yra ir kurie transkripcijos faktoriai bei keliai yra aktyvūs naviko mikroaplinkoje. Tada naudojome MOFA, kad nustatytų, kurios savybės labiausiai skiriasi auglių viduje ir tarp jų, ir išvedėme iHet parašą. Išanalizavę daugiau nei 6000 pacientų mėginių galėjome parodyti, kad šis parašas yra išsaugotas ir sergant kitų rūšių vėžiu ir yra susijęs su imunitetu nuo vėžio“, – aiškina bioinformatikas.
